Linux Hosting ราคาถูกกว่า เพราะไม่ต้องเสียค่าลิขสิทธิ์ต่าง ๆ ให้กับบริษัท Microsoft ไม่ว่าจะเป็น ระบบปฏิบัติการ (Windows Server) ฐานข้อมูล (MS SQL ) จึงสามารถเรียกเก็บค่าบริการได้ถูก นอกจากนั้นยังสามารถใช้ฐานข้อมูล MySQL ได้ ซึ่งใช้ภาษาเรียกดูฐานข้อมูล(Structure Query Language) คล้ายกับ MS SQL มาก ความเร็วในการทำงานหลาย ๆ อย่างดีกว่า Windows Server ส่วนด้านการรองรับทางการเขียนโปรแกรม ซึ่ง Linux server นั้นจะไม่สามารถใช้งาน ASP.NET ได้แต่รองรับการใช้ภาษา php ได้ ซึ่งปัจจุบันนั้นมีการพัฒนาความสามารถของภาษา php มากจนแทบจะไม่มีความแตกต่างจาก ASP .NET เลยนอกจากเสียเงินเพิ่มกับไม่เสียเงินเพิ่มครับ
ความแตกต่างของระบบไฟล์ระหว่าง Windows server และ Linux server
- ระบบไฟล์บน Windows เป็น Case-insensitive ส่วน Linux เป็น Case-sensitive
- Windows จะไม่ติดเรื่อง Permission ในการอ่านเขียนไฟล์ แต่ Linux จะมี CHMOD ที่จะต้องกำหนดสิทธิในการเขียนไฟล์